1864年，米蘭會會士於般含道（即今英皇書院）建立一小堂，奉聖安多尼聖師為主保，1875年，小堂由基督學校修士接辦。1921年，小堂遷往第三街聖類斯工藝院內，由瑪利諾會管理。1927年，慈幼會士抵達香港，接辦工藝院，並委任馬之驥神父 (Fr. Galdinus Bardelli) 出任主任司鐸。1933年，由於教務興盛，區內教友近千人，原址不敷應用，慈幼會遂決定興建新聖堂。

1945年香港光復後，當時的主任司鐸韋助力神父 (Fr. Theodore Wieczorek) 親往美國勸捐，籌獲款項十餘萬元歸來，於是在全堂區教友鼎力支持下，動工興建新聖堂。新聖堂在1953年6月13日，主保聖安多尼的瞻禮日落成，並邀請白英奇主教祝聖後正式使用。

自1953年聖堂啟用後，聖堂因應發展需要，在各神長的支持及熱心教友的資助下，增加了許多設施及完成了多項的重修工程，配合開展各項的牧民工作。

本堂區附屬的小堂為設於利瑪竇宿舍內的上智之座小堂。